三大錬金術師の祖母を持つ少女・ライムは、山間で一人ひっそりと暮らしていた。
ある日、名門「レジルラヴィナー学院」の教授クレソンにスカウトされる。
国家資格である錬金術師は取得が難しい資格の一つ。祖母のような錬金術師になりたいという夢を胸に首都へと向かったライムだが、自分とはかけ離れた世界で生きる個性豊かな人物たちの中へ。
三人一組の工房制度では、上流貴族のベルと大商会の息子リアンの二名と共同生活を送りながら、学院からの様々な課題をこなすことに。
初めてだらけの日々の中、仲間と共に楽しみ、励まし、時に自分自身と向き合いながら「錬金術師」になる夢を叶える為、ライムの奮闘が始まる！