魔力には色があり、属性ごとにそれは異なる。雷属性であれば黄色、火属性なら赤といったように。
帝都近郊の男爵家に生まれた少年、マリス・レオンハートは、10歳で七色全ての力を持つ「虹色魔導師」であることが判明する。
しかし目立つことを嫌う彼は、隠して生きる道を選び、家族や知人の協力でその秘密を隠し続ける。
16歳で幼馴染と共に魔導師養成学校に入学したマリスは、公爵令嬢の姉妹や伯爵令嬢と出会い、賑やかな学園生活を送り始める。
学園生活を通じて仲間たちと友情を深めていく中、彼の力の一端が思わず表れることもあり、周囲に正体が知られないかと気をもむ日々が続く。
だが、仲間たちと過ごす時間が増えるにつれ、彼は静かに生きたいという理想と仲間を守りたい思いの間で葛藤するようになっていく。
マリスの秘密を知った仲間たちは彼を支える決意を固め、力を合わせてその秘密を守ろうとするのだった。
果たして彼は、仲間たちと共に平穏な学園生活を送り続けることができるのか──？